Neue Video-Datenbank zu menschlichen Knock-out-Zellen online

01.04.10 Mit einem Mausklick können Wissenschaftler auf der ganzen Welt nun beobachten, was passiert, wenn eines von 21.000 proteinkodierenden Genen der menschlichen Zelle abgeschaltet wird. Forscher um Jan Ellenberg vom European Molecular Biology Laboratory (EMBL) in Heidelberg haben unter dem Dach des europäischen Mitocheck-Konsortiums eine frei zugängliche Datenbank mit mehr als 190.000 Videos angelegt, die im Zeitraffer menschliche HeLa-Zellen zeigen, bei denen jeweils ein Gen abgeschaltet wurde.
Die Datenbank ist das Nebenergebnis eines Projekts, in dem die Wissenschaftler 600 Gene identifizierten, die bei der Zellteilung eine Rolle spielten. Um die gewaltige Menge an Filmmaterial auszuwerten und zu entdecken, welche Gene die Mitose beeinflussen, haben die Forscher in einem automatisierten Verfahren in jeweils einer Zelle ein bestimmtes Gen deaktiviert und diese Zelle dann 48 Stunden lang gefilmt. Dieser Vorgang wiederholte sich im Hochdurchsatzverfahren für alle 21.000 proteinkodierenden Gene, berichten die Forscher in Nature (1. April 2010, Bd. 464, S. 721-727) Ein Computerprogramm analysierte das Filmmaterial, indem es automatisch den Zellkern erkannte und dessen Zustand in 16 Kategorien einordnete. So entstand eine Vorauswahl an gut 1.250 Fällen, bei denen etwas mit der Chromosomenteilung nicht stimmte. Eine finale manuelle Auswahlrunde führte schließlich zu den 600 Genen, die bei der Mitose beteiligt sind. Bisher war nur rund die Hälfte von ihnen bekannt. Die Datenbank ist auf den Seiten des Mitocheck-Konsortiums (www.mitocheck.org) zu erreichen.